O HIV, do gênero Lentivirus, é um retrovírus. Ele possui duas fitas idênticas de RNA, a enzima transcriptase reversa em emvelope de fosfolipídeo. O envelope tem espículas denominadas gp 120 (glicoproteína com peso molecular de 120.000). As espículas permitem ao vírus fixar-se ao receptor CD4, nas células do hospedeiro. Os receptores CD4 são encontrados nas células T auxiliares, nos macrófagos e nas células dendríticas - os principais alvos da infecção por HIV.
A fixação do vírus é seguida pela entrada na célula do hospedeiro. Na célula do hospedeiro, o RNA viral é liberado e transrito em DNA pela enzima transcriptase reversa. A seguir, esse DNA viral torna-se integrado ao DNA cromossômico da célula do hospedeiro. O DNA pode controlar a produção de uma infecção ativa, em que novos vírus brotam da célula do hospedeiro.
Alternativamete, esse DNA integrado pode não produzir novos HIV, mas permanece escondido no cromossomo da célula do hospedeiro como um provírus. Como provírus, ele não é detectado pelo sistema imunológico. O HIV produzido na célula do hospedeiro não é necessariamente liberado pela célula, mas pode permanecer como vírion latente em vacúolos dentro da célula. De fato, um subconjunto de celulas infectadas por HIV, ao invés de serem mortas, torna-se células T de memória de vida longa, onde o reservatório de HIV latente pode persistir por décadas. Essa capacidade do vírus de permanecer como um provírus ou vírus latente dentro das células hospedeiras é uma razão importante pela qual os anticorpos anti-HIV desenvolvidos por indivíduos infectados falham em inibir a progressão da infecção. Outro modo pelo qual o HIV se oculta do sistema imunológico é pela fusão de uma célula com outra, através da qual o vírus se move de uma célula infectada para uma célula adjacente não-infectada.
O vírus também engana as defesas imunológicas sofrendo rápidas alterações antigênicas. Os retrovírus de RNA, com a etapa da enzima transcriptase reversa, possuem uma alta taxa de mutação comparados ao vírus de DNA. Eles também não têm a capacidade de correção por contraprova dos vírus de DNA. Como resultado, uma mutação é provavelmente introduzida em cada posição no genoma do HIV muitas vezes por dia em uma pessoa infectada. Isso pode levar a um acúmulo de 1 milhão de variantes do vírus em uma pessoa assintomática, e 100 milhões de variantes nos estágios finais da infecção. Esses números dramáticos ilustram os problemas potenciais da resistência a drogas e os obstáculos ao desenvolvimento de vacinas e testes diagnósticos.
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